一、水稻抗白叶枯病微效QTL的定位分析（论文文献综述）
赵海涵,练旺民,占小登,徐海明,张迎信,程式华,楼向阳,曹立勇,洪永波[1]（2022）在《水稻协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理白叶枯病是水稻生产最严重的细菌性病害,挖掘新的白叶枯病抗性基因资源并培育抗病品种是控制该病害的重要方法。本研究利用父母本抗性差异较大的协优9308衍生的139个重组自交系群体作为遗传材料,人工接种不同白叶枯菌后的病斑长度作为连续型表型,结合经DNA深度测序获得的476,505个单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）标记进行全基因组关联分析（genome-wide associated study,GWAS）。结果表明在P<1×10–4下, 4个菌株处理后共鉴定到109个与白叶枯抗性显着关联的SNPs位点,解释表型变异率59.78%～63.29%。其中CR4接种发现了25个SNP位点其贡献率为61.00%,在这些SNP位点附近共筛选到19个基因,其中有2个为NBS-LRR抗病相关基因（LOCOs11g43420和LOCOs11g45930）。表达分析验证发现该2个基因在抗性亲本中恢9308的表达量分别为感病母本协青早B的4.42倍和8.86倍,表明其可能在正调控白叶枯病抗性机制中发挥重要作用。进化树分析发现这2个候选基因与已克隆的抗性基因属于不同的亚组,表明可能是新基因。本研究为进一步挖掘白叶枯抗性基因和培育抗病品种提供了理论基础和基因资源。
赵海涵[2]（2021）在《协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理水稻是世界上最重要的粮食作物,保证其生产安全对国家和农民都至关重要。由稻黄单孢菌水稻致病变种（Xanthomonas oryzae pv.Oryzae,Xoo）引起的白叶枯病是水稻生产中最重要的细菌性病害,挖掘新的白叶枯病抗性基因资源并培育抗病品种是控制该病害的最有效方法。水稻白叶枯病是一个复杂的数量性状,其遗传变异位点受到了遗传标记、遗传群体类型或环境等的影响。结合多种遗传群体,全基因组关联分析的分析模型可以解析水稻复杂农艺性状的遗传背景。本研究中协优9308衍生的139个重组自交系（recombinant inberd lines,RILs）群体来自原始亲本协青早B和中恢9308杂交组合并通过单粒传法连续13代自交获得。协优9308的F2群体在浙江省鉴定白叶枯病抗性表现为数量性状,亲本协青早B和中恢9308经接种后分别表现为高感和高抗白叶枯病。由此利用极端感、抗表型双亲构建群体作为遗传材料,人工接种4种白叶枯菌获得的叶片病斑长度作为连续型表型,结合经DNA深度测序获得的476,505个单核苷酸（single nucleotide polymorphism,SNPs）标记,利用EMMAX的混合线性模型（mix-linear model,MLM）进行全基因组关联分析（genome-wide associated study,GWAS）,结果如下:1.在p<1×10-4水平下,4个菌株处理后共鉴定到109个与白叶枯抗性显着关联的SNPs位点,解释表型变异率59.78%～63.29%。参照日本晴基因组注释信息共得到87个基因。这些显着位点分布在水稻12条染色体上和第6和12条染色体上出现了显着峰值。其中CR4接种发现了25个SNPs位点其贡献率为61.00%。在这些SNPs位点附近共筛选到19个基因,其中有两个NBS-LRR抗病相关基因LOC＿Os11g43420和LOC＿Os11g45930。2.对关联到的高峰SNPs位点的上下游连锁不平衡衰减区间的基因进行功能预测并结合表达分析,验证发现两个基因LOC＿Os11g43420、LOC＿Os11g45930的表达量在抗性亲本中恢9308分别为感病母本协青早B的4.42倍和8.86倍。进化树分析发现该两个候选基因与已克隆的抗性基因位于不同的亚组,表明该候选基因是新基因且在正调控白叶枯病抗性机制中发挥重要作用。3.协优9308群体的产量相关农艺性状与白叶枯病抗性的相关性分析发现,水稻白叶枯病病斑长度与有效穗数、结实率与千粒重等农艺性状存在相关性。其中病斑长度与空粒数、粒数和有效穗数成显着正相关,相关系数分别为0.30（p≤0.01）、0.20（p≤0.01）和0.15（p≤0.01）,说明白叶枯病可显着影响有效穗数、实粒数和结实率从而间接影响水稻产量。水稻产量与粒数成极显着正相关,相关系数为0.90（p≤0.001）;与有效穗数、结实率和千粒重成显着正相关,相关系数分别为0.40（p≤0.01）、0.39（p≤0.01）和0.30（p≤0.01）。
杨林[3]（2020）在《水稻印记基因的鉴定和8亲本MAGIC群体的抽穗期遗传基础解析》文中研究表明基因组印记（也称印迹）是一种表观遗传学现象,即处于同一基因座位的两个等位基因间表现出偏好性表达的现象,它们之间的表达差异取决于亲本来源。目前在植物中鉴定到数百个印记基因,但无论是在物种内或物种间它们的保守性都很低。栽培稻（Oryza sativa L.）分为籼（indica）、粳（japonica）两个亚种,它们之间存在生殖隔离,阻碍了遗传物质的充分交流,印记基因在亚种间是否保守依然不清楚。本研究对籼粳亚种间（9311与日本晴间正反交,R9N）、籼稻亚种内（9311与珍汕97间正反交,R9Z）、粳稻亚种内（中花11与日本晴间正反交,RZN）共三组正反杂交种授粉5-7天后的胚与胚乳进行RNA测序,获得如下结果:1.印记基因主要存在于胚乳中。在胚中共鉴定到4个印记基因,其中一个为父本偏好性表达基因（parternally expressed gene,PEG）,其余均为母本偏好性表达基因（maternally expressed gene,MEG）;而在胚乳中共鉴定到913个印记基因,其中大部分为MEGs。2.各组合中鉴定到的印记基因数目不同。分别在组合R9N、R9Z与RZN中鉴定到546、286与211个印记基因。分别有72个,46个与16个印记基因在R9N与R9Z,R9N与RZN,R9Z与RZN中共同鉴定到。在三个组合中都鉴定到的印记基因有5个（Os01g0151700,Os07g0103100,Os10g0340600,Os11g0679700和Os12g0632800）,它们都是MEGs;RT-PCR后测序进一步证实了它们的MEG特性。3.部分印记基因以两基因串联的形式成簇分布于染色体上。R9N中形成簇的印记基因占总共鉴定到的印记基因的26.7%,R9Z中为10.5%,RZN中为38.9%。4.与玉米和拟南芥比较发现不同物种间保守的印记基因并不多。通过同源比对发现水稻与拟南芥间,水稻与玉米间保守的印记基因分别有15个和27个。它们的功能多种多样。5.鉴定到的MEGs中大部分基因参与能量代谢与种子发育。通过GO分析发现MEGs主要富集于碳水化合物代谢与生物合成过程、氮营养代谢与跨膜转运。对鉴定到的5个共有的MEGs中的两个基因进行了基因编辑,与野生型相比,它们的灌浆速率变慢,最终导致充实度降低。本研究为水稻乃至禾谷类作物中印记基因的功能分析提供了重要资源。多亲本高级互交群体（multi-parent advanced generation inter-cross,MAGIC）兼有双亲本群体QTL检测能力强和关联群体定位精度高的优势。然而,在前人的研究中,常用基于SNP（single nucleotide polymorphism）水平的GWAS（genome wide association study）进行QTL（quantitative trait loci）定位,并未最大程度地利用该类群体的优势。本研究构建了基于bin-GWAS的QTL定位方法,对8亲本MAGIC群体进行开花期QTL的扫描。主要结果如下:1.水稻8亲本MAGIC群体的构建。本研究选择遗传多样性大的8个品种,经过3轮成对杂交,获得8元F1家系,随后通过单粒传（single seed descent,SSD）至F7,获得560个RILs（recombinant inbred lines）。2.8个亲本对群体基因组的贡献除了MH63偏高为15%以外,其余亲本的贡献基本相当,为11.4%～12.7%,符合预期。基因组少数区段存在偏分离现象,其中4个弱偏分离区段与已克隆的影响育性的基因Os JAG,Os CP1,S5和TMS2相邻,还有一个区段内包含一个已克隆的育性基因RMS。3.系统发生树及主成分分析显示MAGIC群体不存在明显的群体结构。4.构建包含12405个bin的MAGIC群体的bin图,bin的长度变异幅度从10kb到900kb,其中84.1%的bin的长度大约在10～50kb,平均长度为29.2kb。平均每个家系282.1个bin。5.基于SNP水平的GWAS在2017和2018年分别检测到4个和5个QTL。其中3个QTL在两年重复检测到,4个QTL在Hd3a,Ghd7.1,Ghd8,Ehd1附近。基于bin水平的GWAS在2017年和2018年分别检测到6个和5个QTL。其中4个在两年重复检测到,4个QTL在Hd3a,Ghd7.1,Ghd8,Ehd1附近,1个QTL位于一个长30kb的包含Hd1的bin中。6.多重比较将不同QTL的8个亲本的等位基因分为不同的类型。按照抽穗期的效应大小,将8个亲本的Hd1等位基因型分为5类,相较于Hd1-1,其余等位型的抽穗期分别提前3天、8天、11天、14天。Hd3a与Ghd7.1可分为2类,相较于Hd3a-1,Hd3a-2提前10天抽穗;相较于Ghd7.1-1,Ghd7.1-2延迟10天抽穗。Ghd8可分为4类,相较于Ghd8-1,其余等位型分别延迟抽穗3天,6天,10天。Ehd1可分为3类,相较于Ehd1-1,其余等位型分别提前5天,7天抽穗。总之,在MAGIC群体中,基于bin水平的GWAS具有更强的QTL检测能力,并能够鉴定优良等位基因,为育种服务。
单文峰[4]（2020）在《水稻抗纹枯病QTL元分析及抗病品种YSBR1染色体片段导入系的构建与基因定位》文中进行了进一步梳理水稻是世界上最重要的粮食作物之一。由立枯丝核菌引起的纹枯病是水稻三大病害之一,年均发病面积和造成的产量损失均位居水稻各病害之首。培育和推广抗病品种是控制病害发生最经济有效的措施,然而,由于水稻对纹枯病的抗性为典型数量性状且易受环境影响,使得通过传统育种手段难以选育抗病品种。通过分子标记辅助选择抗病QTL被认为是培育抗纹枯病品种的可行途径,但是目前已报道的抗纹枯病QTL间的重演性不高,因此,发掘重演性高的抗纹枯病QTL具有重要的理论价值和实际意义。本文收集了前人公开发表的水稻纹枯病抗性QTL以及容易影响纹枯病抗性的株高、抽穗期等性状QTL信息,进一步采用元分析方法挖掘重演性高且与农艺性状无关的抗纹枯病一致性QTL（MqSB）,在此基础上结合表达谱数据推测分析MqSB区间内的可能候选基因。同时,本研究以高抗纹枯病水稻品种YSBR1为供体,在江苏推广的超级稻品种泰粳394（T394）背景下构建了全基因组染色体片段导入系,并以此初步定位了纹枯病抗性及部分农艺性状基因/QTL。主要结果如下:1.收集了前人发表的有关水稻纹枯病抗性QTL的定位研究论文23篇,整理获得207个纹枯病抗性QTL、109个抽穗期QTL和62个株高QTL。通过元分析,分别获得49个MqSB、28个抽穗期一致性QTL（MqHD）和16个株高一致性QTL（MqPH）。位置比较显示,有37个MqSB区间内不存在MqHD或MqPH。结合6组水稻响应纹枯病菌侵染的转录组数据,发现MqSB区间内的差异表达基因更多与水稻防御物质积累信号及病原菌诱导的感病反应相关信号途径有关。进一步结合公开的基因组织特异性表达数据,对10个置信区间小于100kb的MqSB进行了候选基因分析,筛选出28个候选基因,为下一步候选基因的验证提供了信息基础。2.利用280对亲本间多态性分子标记,对224个高世代YSBR1/T394全基因组染色体片段导入系进行检测、筛选,获得123个导入不同染色体片段的株系,累计覆盖80.5%的YSBR1基因组。对YSBR1、T394及85个导入系进行重测序并与分子标记检测结果相比较,发现有17个株系重测序鉴定的导入片段数与分子标记鉴定的导入片段数一致;其余株系使用两种方法鉴定的导入片段数量差值在1-8个之间,重测序方法比分子标记方法平均多鉴定出1个片段。结合导入系群体的部分农艺性状、纹枯病抗性表型及基因型数据,进行QTL定位,分别检测到与株高、抽穗期、育性、光叶、穗型和纹枯病抗性相关的QTL有5、4、10、4、2和6个;在这其中,有5个QTL区间内存在已克隆的相应性状基因,有3个纹枯病抗性QTL（qSB2、qSB4和qSB11）分别与以上3个MqSB间存在明显区间重叠。3.课题组前期鉴定到两个来自YSBR1的主效抗纹枯病数量性状基因（qSB-2YSBR1和qSB-12YSBR1）,本研究进一步对导入片段与其区间相关的40个导入系（Lemont背景）进行田间与温室纹枯病抗性鉴定,将qSB2 YSBR1定位在第2染色体ZY31.2-RM166之间,物理间距3.2Mb;认为qSB12YSBR1区间内存在2个紧密连锁的抗性基因,分别位于标记ZY25.2-RM235和RM6217-ZY25.1区间内,物理间距分别为0.9Mb和2.5Mb。此外,利用实验前期构建的46个与抗纹枯病数量基因qSB-9TQ位置相关的片段导入系,对qSB-9TQ进行了重复定位,进一步证实qSB-9TQ位于Y84-Y86区间内,该区间完全包含MqSB-9-5和之前报道的qSB-9TQ的精细定位区间。以上结果为进一步克隆水稻纹枯病抗性及重要农艺性状基因/QTL创建了丰富的材料基础,具有重要的理论价值与实际意义。
薄娜娜[5]（2019）在《长雄蕊野生稻感光性、茎粗和柱头外露的遗传分析》文中研究说明水稻是主要的粮食作物。随着全球人口数量的疾速增加,人们对于大米的需求量不断上升,保持并提高水稻的产量具有重要意义。长雄蕊野生稻具有多年生、抗虫、抗病、耐寒、柱头外露、粗茎等优良特性。且其染色体组为A’A’,与栽培稻染色体组AA同源性较高,有利于与栽培稻进行杂交。水稻茎粗与抗倒伏能力有关,倒伏会影响光合作用导致水稻的产量下降、品质降低。柱头外露率是制备水稻杂交种要考虑的关键性状之一。但长雄蕊野生稻的感光性强,长日照下不抽穗,而适宜的抽穗期与水稻产量密切相关。本研究通过对长雄蕊野生稻抽穗期、茎粗及柱头外露率等的遗传分析,找到控制相关性状的QTL（quantitative trait loci）,可为水稻育种提供基因资源。本试验以父本长雄蕊野生稻（Oryza longistaminata）与母本栽培稻粳稻Balilla杂交构建的F2群体为研究群体,结合InDel分子标记构建的遗传连锁图谱,利用QTL分析软件对水稻抽穗期、茎粗及柱头外露率等性状进行遗传分析,主要结果如下:1.长雄蕊野生稻与Balilla的抽穗期在长日照下存在极显着差异,F2群体中的抽穗期表型呈连续分布。分析F2群体的抽穗期,共得到6个控制水稻抽穗期的QTL,这些QTL分别位于第2、4、8和9号染色体上。在两年长日照下的F2群体中都检测到第8染色体上的qDTH-8-1位点,但短日照下未检测到该位点,说明其跟感光性相关。qDTH-8-1为主效位点,对抽穗期表型贡献率最大,其中包含已被克隆的DTH8/GHD8基因。通过测序4种栽培稻与4种长雄蕊野生稻的DTH8等位基因,发现长雄蕊野生稻与栽培稻的DTH8的CDS序列存在29个SNP（single nucleotide polymorphism）差异、1个InDel（insertion/deletion）差异与2个SSR（simple sequence repeats）差异。这导致两者的氨基酸序列产生差异,其中在CCAAT-box保守区有一个氨基酸的变异:第86个氨基酸位置长雄蕊野生稻是丙氨酸,而栽培稻是丝氨酸,推测这极可能是导致两种等位基因功能差异的主要原因。此外,我们还检测到另外4个已被定位但未被克隆的位点qDTH-4-1、qDTH-8-2、qDTH-9-1和qDTH-9-2,他们在本群体中的效应不大。2.长雄蕊野生稻与Balilla的茎粗和穗颈粗均存在极显着差异,F2群体中的茎粗与穗颈粗表型呈连续分布,且两者存在显着的正相关。分析两年F2群体的茎粗与穗颈粗相关数据,得到13个控制水稻茎粗和穗颈粗性状的QTL,分布在第1、2、3、4、5、7及8染色体上。其中,控制茎粗的位点有7个,qSC-8-1为主效位点;控制穗颈粗的位点有6个,qRC-8-1为主效位点。茎粗与穗颈粗的主效位点位于同一区域,且跟上述抽穗期主效位点qDTH-8-1位于同一区域。本研究中的茎粗位点qSC-2-1、qSC-2-2、qSC-7-1与穗颈粗位点qRC-3-1、qRC-7-1还未见报道,属于新位点。3.长雄蕊野生稻与Balilla的柱头外露率存在极显着差异。F2群体中的柱头单露率、柱头双露率与柱头总露率呈连续分布,三个性状两两之间正相关。检测两年的柱头外露数据,共得到18个柱头外露率的QTL,分布在第2、3、4、5、6与9号染色体上。控制柱头双露率的位点有6个,q-PDES-2-1为主效位点;控制柱头单露率的有6个,q-PSES-2-1为主效位点;控制柱头总露率的有6个,q-PES-2-1为主效位点。三者的主效位点都位于同一区域,且该位点还未见报道。另外,位点q-PDES-2-2,q-PDES-4-1,q-PDES-6-1,q-PSES-2-2,q-PSES-4-1,q-PSES-9-1,q-PES-2-2,q-PES-4-1,q-PES-5-1,q-PES-9-1这10个位点都还未见报道,属于新位点。
毛一剑[6]（2019）在《东乡野生稻产量相关性状有利QTL挖掘及穗长QTL qPL7-25精细定位》文中研究指明东乡野生稻是我国独有的目前在世界上分布最北的普通野生稻,是十分宝贵的种质资源。本研究以重测序的东乡野生稻、广陆矮4号及其重组自交系为研究对象,利用第三代分子标记SNP标记为基础构建的物理图谱,在富阳和陵水两个环境下,对东乡野生稻的13个产量相关性状的QTL进行分析,挖掘出了25个来自东乡野生稻的有利产量QTLs。在此基础上,进一步对一个来自东乡野生稻的控制穗长的有利产量QTL qPL7-25进行精细定位,分析了其候选基因,以期为后续研究者利用东乡野生稻进行品种改良或进一步进行分子育种相关研究提供有益的参考作用。主要研究结果如下:1、本研究累计检测到了60个QTLs,在12条染色体中均有分布。其中qPBN1-8、qPL7-25、qGD12-14等9个QTLs在两个环境及联合检测中均能稳定检测到。另外,有25个QTLs是来自于东乡野生稻的有利QTLs,包括控制一次枝梗数、枝梗比、单株穗数、单株产量的QTLs各1个,分别能解释表型变异的7.87%、7.28%、11.02%、10.67%;控制二次枝梗数、每穗颖花数、结实率的QTLs各2个,分别能解释表型变异的6.97-7.54%、5.89-6.70%、9.19-12.72%;控制总枝梗数、穗长、着粒密度的QTLs各3个,分别能解释表型变异的5.63-8.77%、6.17-18.66%、5.97-7.27%;控制千粒重的QTLs6个,分别能解释表型变异的7.28-29.95%。另外,除了qGYPP7-10、qNSPP5-22、qTGW8-24等三个QTLs外,本研究在东乡野生稻上定位到的产量相关性状的QTLs与前人在东乡野生稻上定位到同性状或相似性状的QTLs没有相同或相近位置,应该是东乡野生稻上定位到的新的QTLs。2、初定位检测到一个新的控制穗长的QTLqPL7-25,它是一个在富阳和陵水环境均能稳定表达的主效QTL,位于第7染色体M234-M235标记区间,其物理区间范围为24.55-25.55 Mb,在富阳和陵水环境下分别能解释表型变异的18.66%、13.06%,增效等位基因来自于东乡野生稻。进一步构建以广陆矮4号（GLA4）为背景的近等基因系NIL-qPL7-25,并发展成包括1800个单株的NIL-qPL7-25×GLA4 F2群体进行精细定位。经对定位群体穗长表型分析,表明qPL7-25是一个单孟德尔因子,且长穗对短穗为显性。进而利用新开发的9个InDel标记,将qPL7-25定位于InDel-24591和InDel-24710之间的119kb区间内,物理区间范围为24591-24710kb。通过近等基因系比较分析,来源于东乡野生稻的QTL位点除增加穗长外,对粒长、稻米长宽比,每穗颖花数、每穗实粒数和单株产量均有正向增效作用,可以同步提高产量和改善稻米品质。3、qPL7-25的精细定位区间共有14个开放阅读框,其中包括两个功能已知蛋白GL7因子（控制粒长粒宽）和GL7负调因子。利用Genvestigator软件对上述基因进行时空表达分析,LOCOs07g41200基因（与GL7等位）的表达无论在时间上还是在组织特异性上,都与穗部发育的关键时期呈现正相关。经对低表达GL7品种日本晴、高表达GL7品种P13、东乡野生稻和广陆矮4号进行GL7基因编码序列和启动子区测序分析,在编码区上东乡野生稻和广陆矮4号没有导致氨基酸改变的SNP差异,而在5’UTR和启动子上存在着SNP和InDel差异,特别是在-111到-101区域（转录起始位点为+1）,与日本晴相比东乡野生稻的GL7启动子上存在着11bp的缺失,高表达GL7品种P13在此处存在8bp的缺失,而广陆矮4号在此处与GL7低表达的日本晴在序列上是一致的。另外,在幼穗分化期,东乡野生稻的GL7表达量要显着高于广陆矮4号,且两者在GL7基因启动子区和5’UTR区基因分型也不同。结果表明,在东乡野生稻上的等位基因LOCOs07g41200极有可能就是qPL7-25。
朱玉君[7]（2019）在《水稻千粒重QTL qTGW10-20.8的精细定位和候选基因分析》文中研究表明千粒重是稻谷产量三要素之一,解析杂交稻亲本间千粒重的变异既可以挖掘对粒重具有显着作用的数量性状座位（Quantitative trait locus,QTL）,又能促进这些QTL在水稻育种中的应用。实验室前期已构建3个由重要籼型三系杂交稻亲本配组衍生的重组自交系群体（Recombinant inbred line,RIL）,并获得多年千粒重表型数据。3个RIL群体分别来源于特青（TQ）/IRBB抗白叶枯病聚合品系（TI）、珍汕97B/密阳46（ZM）和协青早B/密阳46（XM）。本研究在此基础上,首先应用3个RIL群体完成千粒重QTL的初定位,然后在第10染色体长臂4.2 Mb区间内鉴定到3个控制粒重和粒型的QTL,最后将其中1个精细定位至70.7 kb区间。具体结果如下:1.3个RIL群体的千粒重QTL检测结果应用QTL IciMapping对3个RIL群体的千粒重QTL及基因型和环境互作进行分析。共检测到27个QTL,其中,17个在2个或3个群体中检测到,其余10个仅在1个群体检测到。在17个QTL中,有8个所在区间可能包含已克隆的与千粒重相关的QTL。在其余9个QTL中,位于第10染色体长臂的qTGW10.1和qTGW10.2呈紧密连锁。qTGW10.1同时在ZM和XM群体中检测到,qTGW10.2同时在TI和ZM群体中检测到。后续试验以这2个QTL为目标进行验证和分解。2.第10染色体长臂3个控制粒重和粒型QTL的分解针对qTGW10.1,应用1个F9:10家系进行验证。该群体除在包含qTGW10.1区间分离外,在第1、9和11染色体上各有1个区间分离。通过QTL分析,4个分离区间共检测到7个控制粒重和粒型的QTL。在qTGW10.1区间仅检测到对粒长的显着作用,来自IRBB52的等位基因增加粒长0.020 mm,贡献率为9.00%。与初定位结果一致,该区间内TQ和IRBB52等位基因对千粒重的作用无显着差异,将该QTL重新命名为qGL10。针对qTGW10.2,首先应用1个NIL-F2群体进行初步验证,然后应用5个F9:10近等基因系群体（Near isogenic line,NIL）进行分解。在该QTL所处区间分解出2个主要控制千粒重的QTL,增效等位基因均来自TQ,分别命名为qTGW10.2a和qTGW10.2b。在qTGW10.2a分离的2个NIL中,仅千粒重呈双峰分布。TQ等位基因分别增加千粒重0.66 g和0.59 g、粒长0.110 mm和0.098 mm、粒宽0.019 mm和0.016 mm。在qTGW10.2b分离的2个NIL中,TQ等位基因分别增加千粒重0.13 g和0.12 g、粒宽0.012 mm和0.011 mm。这3个QTL被定位在第10染色体长臂4.2 Mb区间内,该结果为控制同一数量性状的QTL往往是成簇分布的理论提供新的证据。3.qTGW10.2a的精细定位和候选基因分析针对qTGW10.2a,首先应用5个杂合区间更小且呈连续交叠排列的F11:12 NIL群体将其精细定位至70.7 kb区间。因该QTL主要控制千粒重且分离区间第1个标记位于第10染色体20.8 Mb处,故重新命名为qTGW10-20.8。然后应用1个仅在qTGW10-20.8区间分离的F12:13 NIL群体对其遗传效应进行验证。在陵水和杭州,对该NIL群体的粒重、粒长、粒宽和抽穗期进行鉴定。结果显示这4个性状在NILTQ和NILIRBB52株系间均表现出极显着差异,来自TQ的等位基因在陵水和杭州分别增加千粒重0.54 g和0.52 g、粒长0.055 mm和0.078 mm、粒宽0.016 mm和0.021 mm、促进抽穗1.9 d和1.2 d。通过比较目标区间内7个开放阅读框（Open reading frame,ORF）的序列和注释功能,ORF7编码1个MIKC型MADs-box蛋白OsMADS56最有可能是qTGW10-20.8的候选基因。在叶片和不同发育阶段的幼穗中,ORF7的表达量在NILTQ株系中显着高于NILIRBB52。幼穗转录组测序发现NILTQ和NILIRBB52之间存在556个差异表达基因。相比NILIRBB52的表达量,272个基因在NILTQ中表达量上调,284个基因表达下调。KEGG和GO富集分析发现qTGW10-20.8可能通过参与植物激素信号通路的方式来影响籽粒大小。这些结果为qTGW10-20.8的分子机制研究奠定基础,为籽粒发育调控途径的完善和水稻品种的改良提供新的基因资源。
胡大棒[8]（2019）在《长雄蕊野生稻染色体片段代换系的构建及主要农艺性状QTL鉴定》文中提出野生稻及其近缘种在长期的生存竞争和自然选择下,积累了丰富的有利基因,如抗病虫、耐逆、雄性不育及强再生力基因等,是天然的水稻基因库。染色体片段代换系是挖掘和利用野生稻中有利基因的重要遗传材料,通过构建以野生稻为供体,栽培稻为受体的染色体片段代换系群体,为挖掘和利用这些野生稻中优异基因创造了条件。本研究以长雄蕊野生稻为供体亲本、以栽培稻籼稻品种黄华占为受体亲本,经过回交、自交和分子标记辅助选择,构建了染色体片段代换系,并初步鉴定了与水稻重要农艺性状相关的QTL。主要结果如下:1、通过籼粳稻序列比对共筛选了 743个SSR标记,其中156个标记在双亲间具有多态性,多态性频率为20.99%;在染色体组覆盖密度较稀疏的区域补充设计和开发了 143个长雄蕊野生稻特异性InDel标记,其中34个标记在双亲间具有多态性,多态性频率为23.78%。平均每条染色体上有15.8个多态性标记,相邻分子标记之间的平均物理距离为1.95Mb。2、通过杂交和回交,并利用190对均匀分布在水稻12条染色体上的多态性分子标记进行辅助选择,获得了以长雄蕊野生稻为供体的37份染色体片段代换系。该套代换系总共携带308个长雄蕊野生稻染色体片段,平均每个代换系携带野生稻片段8.32个,平均每条染色体携带25.6个代换片段,代换片段平均长度为2.81Mb,代换片段覆盖长度为272.98Mb,相当于水稻基因组的76.63%。3、对37个长雄蕊野生稻染色体片段代换系的株高、剑叶长、剑叶宽、剑叶面积、主穗长、主穗一次枝梗数、主穗结实率、主穗每穗粒数、粒长、粒宽、籽粒长宽比和千粒重等12个农艺性状进行调查和统计分析,结果表明所有性状均出现分离,各性状之间存在显着的相关性,且呈现连续的正态分布,表明这些性状是由多基因控制的数量性状。4、利用37个长雄蕊野生稻染色体片段代换系对水稻12个重要农艺性状进行QTL鉴定,共检测到42个QTLs。除千粒重外的11个性状上均检测到QTLs。在水稻第1、3、7、12染色体上共鉴定到7个株高相关QTLs,贡献率介于8.01%～11.51%,加性效应介于12.07～22.92。5、在水稻第1、9染色体上共检测到3个剑叶性状QTLs,包括1个剑叶长、1个 叶宽和1个剑叶面积QTL,贡献率分别为35.65%、29.75%和37.51%,加性效应分别为4.11、0.19、7.12。6、在水稻第1、3、4、7、8、9、12染色体上共检测到15个控制穗部性状的QTLs。其中检测到4个控制穗长的QTLs,贡献率介于9.97%～20.50%,加性效应介于12.07～22.92;检测到3个控制一次枝梗数的QTLs,贡献率介于17.01%～29.39%,加性效应介于1.91～4.70;检测到1个控制每穗粒数的QTL;检测到7个控制结实率的QTLs,贡献率介于8.00%～14.77%,加性效应介于-0.31～-0.08。7、在水稻第1、2、5、8、12染色体上共检测到17个粒型相关QTLs,其中检测到8个控制粒宽的QTLs,贡献率介于7.5%～11.83%,加性效应介于0.13～0.31;检测到2个控制粒长的QTLs,贡献率分别为15.13%和17.78%,加性效应分别为-0.30和-0.41;检测到8个控制粒长宽比的QTLs,贡献率介于8.01%～11.87%,加性效应介于-0.33～-0.24。
李曙光[9]（2017）在《大豆巢式关联作图群体QTL定位方法的优化并用于开花期与籽粒性状的遗传解析》文中提出大多数农艺、品质性状是由多基因控制的复杂性状,并且往往受到环境互作的高度影响。连锁定位和关联定位是解析复杂性状遗传结构的两种常用方法,基于双亲本分离群体的连锁定位方法,只能鉴定两亲本之间的多态性基因位点,而基于自然群体的关联分析方法,能够检测同一位点的多个等位变异。连锁定位初步确定目标性状QTL的位置,关联分析可快速对目标基因进行精细定位,关联分析和连锁定位可以相互补充。巢式关联作图（Nested Association Mapping,NAM）群体,是由一个共同亲本与其他多个亲本分别杂交而构建的多个重组自交系群体的总和,利用了多亲本之间更多的遗传变异以及群体大小增加,NAM成为解析复杂性状解剖的很有发展前景的多亲本遗传设计。该群体的亲本数目相对有限,其中一个共同亲本是固定的,能够相对较好地区分群体结构,在进行关联分析时,可以考虑群体结构对关联结果造成的影响。NAM群体成为解析复杂性状的多亲本遗传设计之一。本研究构建了具有共同亲本（M8206）的四个大豆重组自交系群体（LM、ZM、MT和MW）,整合为一个 LZTWM 群体,并利用 RAD-seq（Restriction-site associated DNA-sequnencing）技术进行SNP标记基因分型,经过2012年～2014年五个不同环境下的田间试验。LZTWM群体的五个亲本临河、正阳、通山、WSB、蒙8206的遗传构成覆盖了该群体623个家系的所有表型变异,通过LZTWM群体的QTL定位来揭示五个亲本的开花期、百粒重、油脂含量与蛋白质含量等性状的遗传构成,并从中探索五个亲本的重组潜力。主要研究结果如下:1 RTM-GWAS是大豆LZTWM群体的高效定位方法为了鉴定高效解析NAM群体复杂数量性状遗传结构的分析方法,首先以大豆LZTWM群体开花期性状为研究对象,比较了具备分析软件的5个QTL定位方法的检测结果。其中以SNP连锁不平衡区块（SNP linkage disequilibrium block,SNPLDB）作为复等位变异的基因组标记的限制性二阶段多位点全基因组关联分析方法（restricted two-stage multi-locus genome-wide association study,RTM-GWAS）提供 了最好的定位结果,该方法检测到最多的开花期QTL（139个）和等位变异（496个）,除3个遗传贡献率较低的QTL以外,RTM-GWAS方法基本上覆盖了其他4个定位方法CIM（7个）、MCIM（15个）、JICIM（7个）和MLM-GWAS（6个）的所有QTL位点。RTM-GWAS方法定位的开花期QTL遗传贡献率总和最高（81.7%）,并且体现了 LZTWM群体具有复等位变异的基本特征（每个位点2-5个等位变异）。因此,RTM-GWAS方法是本研究LZTWM群体中能够提供较多遗传信息的QTL定位方法,本研究将RTM-GWAS方法用于下文中进一步深度解析LZTWM群体中开花期、百粒重、油脂含量与蛋白质含量等性状的遗传构成。2大豆LZTWM群体开花期性状的遗传构成及其五个亲本的重组潜力在LZTWM群体全基因组55,936个SNP标记,被划分为6,137个SNPLDBs标记。在此基础上,采用RTM-GWAS两阶段关联分析方法,来解析LZTWM群体中开花期性状的遗传构成。根据多环境联合方差分析,遗传变异解释开花期表型变异为97.6%。该群体检测到的139个开花期主效QTL/SNPLDB,分布在大豆所有20条染色体上,其中84个QTL是本研究中新检测到的,每条染色体上具有2个（Chr.09）至12个（Chr.06、Chr.10和Chr.13）QTL,表型变异解释率在0.03%-18.27%之间,共解释81.7%表型变异。其中9个大贡献主效QTL（贡献率大于1.0%）共解释53.2%的表型变异;其余130个小贡献主效QTL（贡献率小于1.0%）共解释28.5%的型变异,剩余15.9%的遗传变异来源于未定位到的微效QTL。QTLX环境互作与试验误差在表型变异中所占比例较小,解释3.4%表型变异。LZTWM群体的623家系及其五个亲本的139个QTL的496个等位变异效应,组成开花期QTL-allele矩阵,全面显示了 LZTWM群体及其五个亲本开花期的遗传构成,大多数等位变异（91.53%）的效应值在-2 d至+2 d之间。所有家系及其亲本均由减效和增效等位变异构成,表明开花期改良存在很高的重组潜力。基于LZTWM群体的139个开花期QTL,推测出控制大豆开花期的包含126个基因的候选基因体系,共解释79.44%的表型变异,表明大豆开花期是一个典型的数量遗传性状,而不是由少量主基因控制。3大豆LZTWM群体百粒重性状的遗传构成及其五个亲本的重组潜力基于LZTWM群体全基因组6,137个SNPLDBs标记,采用RTM-GWAS两阶段关联分析方法,来解析该群体中百粒重性状的遗传构成。根据多环境联合方差分析,遗传变异解释百粒重表型变异为97.7%。该群体检测到的119个百粒重主效QTL/SNPLDB,分布在大豆所有20条染色体上,其中30个QTL是本研究中新检测到的,每条染色体上具有1个（Chr.14、17）至13个（Chr.06）QTL,表型变异解释率在0.06%-7.06%之间,共解释84.6%表型变异。其中18个大贡献主效QTL（贡献率大于1.0%）共解释49.4%的表型变异;其余的101个小贡献主效QTL（贡献率小于1.0%）共解释35.2%的型变异,剩余13.1%的遗传变异来源于未定位到的微效QTL。QTLX环境互作与试验误差在表型变异中所占比例较小,解释2.3%表型变异。LZTWM群体的623家系及其五个亲本的119个QTL的407个等位变异效应,组成百粒重QTL-allele矩阵,全面显示了 LZTWM群体及其五个亲本百粒重的遗传构成,大多数等位变异（93.86%）的效应值在-2 g至+2 g之间。所有家系及其亲本均由减效和增效等位变异构成,表明百粒重改良存在很高的重组潜力。基于LZTWM群体的119个百粒重QTL,推测出控制大豆百粒重的包含92个基因的候选基因体系,共解释65.82%的表型变异。4大豆LZTWM群体油脂含量性状的遗传构成及其五个亲本的重组潜力基于LZTWM群体全基因组6,137个SNPLDBs标记,采用RTM-GWAS两阶段关联分析方法,来解析该群体中油脂含量性状的遗传构成。根据多环境联合方差分析,遗传变异解释油脂含量表型变异为90.2%。该群体检测到的128个油脂含量主效QTL/SNPLDB,分布在大豆所有20条染色体上,其中35个QTL是本研究中新检测到的,每条染色体上具有1个（Chr.12）至17个（Chr.17）QTL,表型变异解释率在0.02%-6.1 6%之间,解释58.1%的油脂含量表型变异。其中13个大贡献主效QTL（贡献率大于1.0%）共解释29.6%的表型变异;其余的115个小贡献主效QTL（贡献率小于1.0%）共解释28.5%的型变异,剩余32.1%的遗传变异来源于未定位到的微效QTL。QTL×环境互作与试验误差解释9.8%的油脂含量表型变异。LZTWM群体的623家系及其五个亲本的128个QTL的422个等位变异效应,组成油脂含量QTL-allele矩阵,全面显示了 LZTWM群体及其五个亲本油脂含量的遗传构成,大多数等位变异（88.86%）的效应值在-0.5%至+0.5%之间。所有家系及其亲本均由减效和增效等位变异构成,表明油脂含量改良存在很高的重组潜力。基于LZTWM群体的128个油脂含量QTL,推测出控制大豆油脂含量的包含106个基因的候选基因体系,共解释51.57%的表型变异。5大豆LZTWM群体蛋白质含量性状的遗传构成及其五个亲本的重组潜力基于LZTWM群体全基因组6,137个SNPLDBs标记,采用RTM-GWAS两阶段关联分析方法,来解析该群体中蛋白质含量性状的遗传构成。根据多环境联合方差分析,遗传变异解释蛋白质含量表型变异为85.0%。该群体检测到的112个蛋白质含量主效QTL/SNPLDB,分布在大豆所有20条染色体上,其中38个QTL是本研究中新检测到的,每条染色体上具有1个（Chr.09、12、17）至14个（Chr.06）QTL,表型变异解释率在0.02%-3.94%之间,解释46.9%表型变异。其中10个大贡献主效QTL（贡献率大于1.0%）共解释19.4%的表型变异;其余的102个小贡献主效QTL（贡献率小于1.0%）共解释27.4%的型变异,剩余38.1%的遗传变异来源于未定位到的微效QTL。QTLX环境互作与试验误差解释15.0%的蛋白质含量表型变异。LZTWM群体的623家系及其五个亲本的112个QTL的371个等位变异效应,组成蛋白质含量QTL-allele矩阵,全面显示了 LZTWM群体及其五个亲本蛋白质含量的遗传构成,大多数等位变异（90.84%）的等位变异效应值在-1.0%至+1.0%之间。所有家系及其亲本均由减效和增效等位变异构成,表明蛋白质含量改良存在很高的重组潜力。基于LZTWM群体的112个蛋白质含量QTL,推测出控制大豆蛋白质含量的包含94个基因的候选基因体系,共解释42.46%的表型变异。
陈天晓,朱亚军,密雪飞,陈凯,孟丽君,左示敏,徐建龙[10]（2016）在《利用水稻MAGIC群体关联定位白叶枯病抗性QTL和创制抗病新种质》文中认为以8个不同亲本构建的遗传上相互关联的多亲本高代互交系（multi-parents advanced generation inter-cross,MAGIC）群体,包括2个4亲本群体（DC1和DC2）和1个八亲本群体（DC3）为材料,接种我国白叶枯病强致病力V型菌系（GD-V）和弱致病力II型菌系（C2）,关联分析定位MAGIC群体对白叶枯病的抗性QTL,筛选抗病种质。结果表明,大多数亲本对C2菌系表现抗病,而对GD-V菌系表现感病,3个MAGIC群体的病斑长度均出现超亲分离。共检测到7个白叶枯病抗性QTL,大多表现数量抗性,而且抗性QTL表达存在明显的遗传背景效应。QBbr11-1和QBbr11-2受遗传背景影响较小,具有一定的育种应用价值。从3个群体筛选出8份不同抗病QTL聚合的抗病材料,表明质量抗性基因和水平抗性数量性状位点的结合可以显着提高抗性水平。8份不同抗病QTL的聚合系可以用作抗病育种的中间抗源。研究结果表明,MAGIC群体可以将遗传研究和育种应用有机结合,是遗传研究和开展标记辅助育种的理想群体。
二、水稻抗白叶枯病微效QTL的定位分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、水稻抗白叶枯病微效QTL的定位分析（论文提纲范文）
（1）水稻协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验群体 |
| 1.2 水稻白叶枯病抗性鉴定及分析 |
| 1.3 基因分型和群体结构分析 |
| 1.4 连锁不平衡衰减分析 |
| 1.5 全基因组关联分析 |
| 1.6 基因组注释 |
| 1.7 候选基因定量PCR及进化分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 4种不同白叶枯菌的统计分析和正态分布 |
| 2.2 基因型和主成分分析 |
| 2.3 水稻全基因组的连锁不平衡分析 |
| 2.4 水稻白叶枯病抗性基因的关联定位 |
| 2.5 候选抗病相关基因的表达分析和进化分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 借助极端抗、感表型双亲构建作图群体 |
| 3.2 白叶枯抗性全基因组关联分析结果分析和比较 |
| 3.3 编码典型抗病结构蛋白的初步基因功能验证 |
| 3.4 抗性关联分析结果中相关问题的探讨 |
| 4 结论 |
（2）协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 水稻白叶枯病的发生及生理变化 |
| 1.2 水稻白叶枯抗性的分子调控机制 |
| 1.2.1 植物的先天免疫系统 |
| 1.2.2 水稻与病原物的互作关系 |
| 1.3 水稻白叶枯病主效抗性基因的克隆 |
| 1.4 NLRs抗病基因的结构和功能 |
| 1.5 目前已有的连锁和关联分析方法 |
| 1.5.1 连锁分析方法在水稻中的应用 |
| 1.5.2 全基因组关联分析研究现状 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 第二章 协优9308 重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 RILs 群体白叶枯病抗性鉴定及分析 |
| 2.1.3 基因分型和群体结构分析 |
| 2.1.4 连锁不平衡衰减分析 |
| 2.1.5 全基因组关联分析 |
| 2.1.6 注释基因检索 |
| 2.1.7 候选基因定量 PCR 及进化分析 |
| 2.1.8 重要农艺性状调查和相关性分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 白叶枯抗性的表型变异分析 |
| 2.2.2 基因型和主成分分析 |
| 2.2.3 水稻全基因组的连锁不平衡分析 |
| 2.2.4 水稻白叶枯病抗性基因的关联定位 |
| 2.2.5 候选抗病相关基因的表达分析和进化分析 |
| 2.2.6 水稻主要农艺性状间及与白叶枯抗性的相关性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）水稻印记基因的鉴定和8亲本MAGIC群体的抽穗期遗传基础解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一部分 :水稻亚种间和亚种内印记基因的比较分析 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 水稻胚乳的发育 |
| 1.2.2 印记基因的发现 |
| 1.2.3 印记基因进化的假说 |
| 1.2.4 利用转录组数据鉴定植物中的印记基因 |
| 1.2.5 印记基因的保守性 |
| 1.2.6 印记基因的功能 |
| 1.3 研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 杂交种配制 |
| 2.3 DNA与 RNA抽提 |
| 2.4 真杂种鉴定 |
| 2.5 RNA-seq及全基因组重测序 |
| 2.6 数据分析 |
| 2.6.1 原始测序数据的过滤 |
| 2.6.2 ZH11 简化基因组(pseudo genome)的构建 |
| 2.6.3 品种特异性reads的获取 |
| 2.6.4 印记基因的鉴定 |
| 2.6.5 基因ID的转换 |
| 2.6.6 GO分析 |
| 2.6.7 基因表达量的计算 |
| 2.7 印记基因的验证 |
| 2.8 同源比对 |
| 2.9 两个印记基因敲除突变体的构建 |
| 2.10 充实度调查 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 真杂种的鉴定与RNA-seq及重测序原始数据的统计 |
| 3.2 胚与胚乳中表达的基因 |
| 3.3 胚与胚乳中表达基因的亲本间多态性 |
| 3.4 鉴定各个组合中的印记基因 |
| 3.5 GO富集与印记基因的验证 |
| 3.6 印记基因在胚与胚乳中的表达差异 |
| 3.7 印记基因成簇分布于基因组上 |
| 3.8 三个组合中保守的印记基因 |
| 3.9 不同物种间保守的印记基因 |
| 3.10 印记基因影响种子灌浆 |
| 4 讨论 |
| 4.1 水稻亚种间印记基因具有一定程度的保守性 |
| 4.2 印记基因鉴定方法的改进 |
| 4.3 MEGs涉及胚乳向胚中的营养供给及种子发育过程 |
| 4.4 物种间保守的印记基因在种子发育过程中具有不同的功能 |
| 4.5 印记基因具有亲本来源效应 |
| 4.6 印记基因的调控涉及表观修饰 |
| 第二部分 :基于bin-GWAS解析水稻8 亲本MAGIC群体抽穗期遗传基础及多等位基因遗传效应分析 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 QTL定位的重要性 |
| 1.2.2 QTL定位群体的发展 |
| 1.2.3 MAGIC群体构建方案 |
| 1.2.4 二代测序技术在基因型鉴定中的应用 |
| 1.2.5 MAGIC群体中QTL定位的分析方法 |
| 1.2.6 MAGIC群体在QTL定位中的应用 |
| 1.2.6.1 不同QTL分析方法在MAGIC群体中的应用 |
| 1.2.6.2 候选基因推测方法 |
| 1.2.7 MAGIC群体在育种中的应用 |
| 1.2.8 水稻开花期QTL图位克隆进展 |
| 1.3 研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 群体构建方法 |
| 2.3 田间种植与表型收集 |
| 2.4 高质量DNA抽提与重测序 |
| 2.5 SNPs与 In Dels信息提取 |
| 2.6 基因型补缺及SNPs变异的注释 |
| 2.7 系统发生树的构建及主成分分析 |
| 2.8 bin图的构建 |
| 2.9 GWAS分析 |
| 2.10 遗传统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 群体构建 |
| 3.2 群体结构 |
| 3.3 全基因组bin图 |
| 3.4 MAGIC群体抽穗期变异 |
| 3.5 基于SNPs水平的GWAS检测QTLs |
| 3.6 基于bin水平的GWAS检测QTLs |
| 3.7 不同等位基因的效应比较 |
| 4 讨论 |
| 4.1 利用系谱关系构建高质量全基因组bin图 |
| 4.2 MAGIC群体在QTL定位中的优势 |
| 4.3 两种GWAS方法的比较 |
| 4.4 覆盖全基因组的HIF群体构建 |
| 4.5 MAGIC群体的育种应用 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ |
| 附录 Ⅱ |
| 致谢 |
（4）水稻抗纹枯病QTL元分析及抗病品种YSBR1染色体片段导入系的构建与基因定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 水稻纹枯病 |
| 1.1.1 水稻纹枯病的发生与危害 |
| 1.1.2 水稻纹枯病抗性鉴定方法与评价体系 |
| 1.1.3 水稻抗纹枯病种质资源挖掘 |
| 1.2 水稻数量性状基因(QTL)定位概述 |
| 1.2.1 水稻QTL定位原理和方法 |
| 1.2.2 QTL的精细定位与克隆 |
| 1.3 水稻纹枯病抗性研究进展 |
| 1.3.1 水稻纹枯病抗性QTL定位 |
| 1.3.2 关联分析挖掘纹枯病抗性位点 |
| 1.3.3 水稻响应纹枯病菌的转录组分析 |
| 1.4 元分析原理及应用 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 QTL元分析材料与方法 |
| 2.1.1 水稻纹枯病抗性QTL定位文献及QTL相关信息整理 |
| 2.1.2 元分析流程 |
| 2.1.3 一致性QTL区间内候选基因分析方法 |
| 2.2 染色体片段导入系构建材料与流程 |
| 2.3 染色体导入片段的鉴定与长度估算 |
| 2.3.1 DNA的提取 |
| 2.3.2 多态性分子标记的筛选、开发与检测 |
| 2.3.3 全基因组测序鉴定导入片段 |
| 2.4 田间农艺性状调查及抗性鉴定方法 |
| 2.5 QTL定位及分析方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 水稻抗纹枯病抗性QTL元分析 |
| 3.1.1 水稻纹枯病抗性QTL的原始信息分析 |
| 3.1.2 一致性图谱构建 |
| 3.1.3 水稻纹枯病抗性及相关性状QTL元分析 |
| 3.1.4 MqSB区间内的纹枯病菌诱导差异表达基因分析 |
| 3.1.5 置信区间小于100kb的MqSB候选基因分析 |
| 3.2 YSBR1染色体片段导入系的构建及部分性状QTL定位 |
| 3.2.1 亲本间多态性分子标记开发 |
| 3.2.2 染色体片段导入系群体评价 |
| 3.2.3 全基因组测序鉴定导入片段 |
| 3.2.4 导入系群体农艺性状描述性统计与相关性分析 |
| 3.2.5 导入系群体中部分农艺性状QTL定位 |
| 3.2.6 导入系群体中纹枯病抗性QTL定位 |
| 3.3 主效抗纹枯病数量基因qSB-2~(YSBR1)和qSB-12~(YSBR1)定位 |
| 3.4 主效抗纹枯病数量基因qSB-9~(TQ)的重复定位 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 水稻抗纹枯病QTL元分析的可行性与重要性 |
| 4.2 一致性抗纹枯病QTL (MqSB)的应用价值 |
| 4.3 染色体片段导入系亲本选择及优缺点 |
| 4.4 与前人定位的水稻抗纹枯病QTL比较 |
| 参考文献 |
| 附录1. 公开发表的水稻抗纹枯病QTL定位文献信息汇总 |
| 附录2. 抗纹枯病QTL以及株高、抽穗期QTL |
| 附录3. 一致性遗传图谱引物表 |
| 附录4. 原始QTL映射在参考物理图谱上 |
| 附录5. 抗纹枯病QTL热点区域信息汇总 |
| 附录6. 一致性株高和抽穗期QTL信息汇总 |
| 附录7. 10个MqSB区间内基因的组织特异性表达数据 |
| 附录8 表达谱实验信息汇总 |
| 附录9. 表达谱实验差异表达基因汇总(电子文档) |
| 附录10. 11对多态性Indel标记信息 |
| 附录11. YSBR1/T394全基因组染色体片段导入系多态性引物表 |
| 附录12-1. 田间抗性鉴定多重比较 |
| 附录12-2. 温室抗性鉴定多重比较 |
| 附录13. MQSB区间内的病程相关基因 |
| 攻读硕士学位期间科研成果 |
| 致谢 |
（5）长雄蕊野生稻感光性、茎粗和柱头外露的遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号与缩略语英汉对照 |
| 第一章 综述 |
| 1.1 长雄蕊野生稻的研究进展 |
| 1.1.1 长雄蕊野生稻的一般特性 |
| 1.1.2 长雄蕊野生稻的优良性状的研究 |
| 1.2 水稻抽穗期的研究进展 |
| 1.3 水稻茎粗性状的研究进展 |
| 1.4 水稻柱头外露的研究进展 |
| 1.5 QTL定位原理与方法 |
| 1.5.1 作图群体的选择 |
| 1.5.2 分子标记的发展 |
| 1.5.3 QTL定位方法 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 第二章 多年生长雄蕊野生稻感光性的遗传分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.1.1 研究材料 |
| 2.1.1.2 主要试剂与仪器 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.2.1 多态性分子标记筛选 |
| 2.1.2.2 DNA提取与基因型鉴定 |
| 2.1.2.3 抽穗期性状调查 |
| 2.1.2.4 遗传连锁图谱的构建与QTL定位分析 |
| 2.1.2.5 位点qDTH8-1候选基因DTH8的比较测序 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 亲本与F_2群体抽穗期表型分析 |
| 2.2.2 遗传连锁图谱构建与抽穗期QTL定位分析 |
| 2.2.3 qDTH-8-1位点候选基因DTH8的比较测序 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 水稻茎粗QTL定位与遗传分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.1.1 研究材料 |
| 3.1.1.2 主要试剂与仪器 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.1.2.1 多态性分子标记筛选 |
| 3.1.2.2 DNA提取与基因型鉴定 |
| 3.1.2.3 茎粗相关性状调查方法 |
| 3.1.2.4 遗传连锁图谱的构建与QTL定位分析 |
| 3.1.2.5 茎粗增长连续观测 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 亲本与F_2群体表型分析 |
| 3.2.2 茎粗QTL定位分析 |
| 3.2.3 茎粗极端值F_2群体与BC_3F_2群体验证分析 |
| 3.2.4 茎粗增长连续观测 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 水稻柱头外露性状的QTL定位与遗传分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.1.1 研究材料 |
| 4.1.1.2 主要试剂与仪器 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.1.2.1 多态性分子标记筛选 |
| 4.1.2.2 DNA提取与基因型鉴定 |
| 4.1.2.3 柱头外露率的调查方法 |
| 4.1.2.4 遗传连锁图谱的构建与QTL定位分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 亲本与F_2群体柱头外露表型调查分析 |
| 4.2.2 柱头外露各性状间相关分析 |
| 4.2.3 柱头外露QTL定位分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 总的结论 |
| 第六章 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一 2017ALD抽穗期表型数据 |
| 附录二 2017ASD抽穗期表型数据 |
| 附录三 2018ALD抽穗期表型数据 |
| 附录四 F_2群体B抽穗期表型数据 |
| 附录五 2017年F_2群体茎粗与穗颈粗表型数据 |
| 附录六 2018年F_2群体茎粗与穗茎粗表型 |
| 附录七 2017年F_2群体柱头外露表型数据 |
| 附录八 2018年F_2群体柱头外露表型数据 |
| 附录九 栽培稻与长雄蕊野生稻的DTH8基因的CDS序列比对结果 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（6）东乡野生稻产量相关性状有利QTL挖掘及穗长QTL qPL7-25精细定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩写词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 水稻产量相关性状研究进展 |
| 1.1.1 水稻产量相关性状剖析及性状之间的相关性 |
| 1.1.2 水稻产量相关性状的QTL定位与基因克隆 |
| 1.2 东乡野生稻研究进展 |
| 1.2.1 东乡野生稻基本信息 |
| 1.2.2 东乡野生稻研究进展 |
| 1.3 分子技术在水稻育种中的应用 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 东乡野生稻产量相关性状QTL分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 材料种植 |
| 2.1.3 性状考查 |
| 2.1.4 图谱构建 |
| 2.1.5 QTL分析方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 富阳与陵水两个种植环境的差异性 |
| 2.2.2 双亲及RIL群体产量相关性状的表型特征 |
| 2.2.3 RIL群体产量相关性状的频率分布 |
| 2.2.4 RIL群体产量相关性状的相关性分析 |
| 2.2.5 单环境下检测到的产量相关性状QTLs及其在染色体上的分布 |
| 2.2.6 MCIM法检测到的产量相关性状QTLs及其与环境互作 |
| 2.2.7 MCIM法检测到的上位性QTLs及其与环境互作 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 以SNP标记为基础构建的物理图谱在QTL定位中的利用 |
| 2.3.2 东乡野生稻中产量相关性状有利QTL的发掘 |
| 2.3.3 不同环境对性状QTL的影响 |
| 2.3.4 QTL遗传的一因多效和基因紧密连锁 |
| 第三章 控制穗长的主效基因qPL7-25 的精细定位 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 近等基因系构建 |
| 3.1.2 材料种植 |
| 3.1.3 性状考查 |
| 3.1.4 DNA提取及PCR反应 |
| 3.1.5 分子标记开发及精细定位 |
| 3.1.6 数据处理 |
| 3.1.7 生物信息学分析 |
| 3.1.8 表达量分析 |
| 3.1.9 基因分型分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 NIL-qPL7-25 的表型分析 |
| 3.2.2 qPL7-25 的精细定位 |
| 3.2.3 qPL7-25 候选基因分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 全文总结 |
| 4.1 主要结论 |
| 4.1.1 产量相关性状是数量性状,表型由基因与环境互作决定 |
| 4.1.2 RIL群体产量相关性状之间存在复杂的相关性 |
| 4.1.3 东乡野生稻中确实存在着丰富的产量相关性状的有利QTL |
| 4.1.4 控制穗长的QTLqPL7-25 精细定位 |
| 4.1.5 qPL7-25 极有可能是控制穗长和粒长/粒宽的GL7 优异等位基因 |
| 4.2 本研究的创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）水稻千粒重QTL qTGW10-20.8的精细定位和候选基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩写名词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 QTL图位克隆的过程 |
| 1.1.1 QTL初定位和验证 |
| 1.1.2 QTL精细定位 |
| 1.1.3 候选基因功能分析 |
| 1.2 已克隆的控制粒重和粒型的QTL |
| 1.2.1 主要控制千粒重和粒长的QTL |
| 1.2.2 主要控制千粒重和粒宽的QTL |
| 1.2.3 主要控制粒长和粒宽的QTL |
| 1.3 调控水稻籽粒大小的分子机制 |
| 1.4 已克隆粒重和粒型QTL在现代品种中的应用 |
| 1.5 CRISPR/Cas9 基因敲除技术为水稻基因功能验证提供新途径 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 水稻材料 |
| 2.2 田间试验及性状考察 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 DNA标记检测 |
| 2.3.2 数据分析 |
| 2.3.3 注释基因序列分析 |
| 2.3.4 基因表达差异分析 |
| 2.3.5 转录组测序分析 |
| 2.3.6 基因敲除载体构建 |
| 2.3.7 基因过表达载体构建 |
| 2.3.8 大肠杆菌转化 |
| 3 结果和分析 |
| 3.1 RIL群体的千粒重QTL定位结果 |
| 3.2 qTGW10.1和qTGW10.2 的验证和分解 |
| 3.3 qTGW10.2a的精细定位 |
| 3.4 qTGW10-20.8 区间注释基因分析 |
| 3.5 基因表达差异分析 |
| 3.6 转录组测序结果 |
| 3.7 获得转基因T0植株 |
| 4 讨论 |
| 4.1 应用生态适应性相近品种构建分离群体增加QTL检测功效 |
| 4.2 第10 染色体长臂3 个粒重和粒型QTL的鉴定 |
| 4.3 第1、9和11 染色体上鉴定到的6 个粒重和粒型QTL |
| 4.4 控制同一性状的QTL成簇分布 |
| 4.5 剩余杂合体策略构建近等基因系群体的优势 |
| 4.6 OsMADS56 最有可能是qTGW10-20.8 的候选基因 |
| 4.7 qTGW10-20.8 对其它相关基因转录水平的影响 |
| 4.8 qTGW10-20.8 可能参与植物激素信号转导通路影响籽粒发育 |
| 4.9 应用CRISPR/Cas9 技术创制候选基因的突变体 |
| 4.10 后续研究计划 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录 Ⅰ附表 |
| 附录 Ⅱ作者简介 |
| 致谢 |
（8）长雄蕊野生稻染色体片段代换系的构建及主要农艺性状QTL鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 野生稻资源利用 |
| 1.3 长雄蕊野生稻研究进展 |
| 1.3.1 长雄蕊野生稻的分布和形态学特征 |
| 1.3.2 长雄蕊野生稻基因组数据 |
| 1.3.2.1 全基因组测序 |
| 1.3.2.2 地下茎和自交不亲和性的转录组分析 |
| 1.3.3 长雄蕊野生稻有利基因/性状的挖掘和利用 |
| 1.3.3.1 长雄蕊野生稻抗病研究 |
| 1.3.3.2 长雄蕊野生稻优良性状研究 |
| 1.4 分子标记技术和QTL定位的方祛 |
| 1.4.1 分子标记的特点和种类 |
| 1.4.2 QTL的分析 |
| 1.4.2.1 QTL定位原理和定位群体 |
| 1.4.2.2 QTL定位的方法 |
| 1.5 野生稻染色体片段代换系的构建与QTL定位研究 |
| 1.5.1 染色体片段代换系的特点 |
| 1.5.2 野生稻染色体片段代换系的构建原理与评价 |
| 1.5.3 野生稻染色体片段代换系构建的研究进展 |
| 1.5.4 野生稻染色体片段代换系的应用研究 |
| 1.5.4.1 水稻QTL定位的研究 |
| 1.5.4.2 目的基因的精细定位 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 杂种F1的获得 |
| 2.2.1.1 远缘杂交 |
| 2.2.1.2 幼胚拯救 |
| 2.2.2 染色体片段代换系的构建方案 |
| 2.2.3 代换片段长度的计算 |
| 2.2.4 分子标记的开发和检测 |
| 2.2.4.1 DNA的提取 |
| 2.2.4.2 PCR反应和电泳分析 |
| 2.2.4.3 分子标记的筛选和开发 |
| 2.2.5 重要农艺性状的调查 |
| 2.2.6 数据处理与分析 |
| 2.2.7 QTL的命名 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 多态性分子标记的筛选 |
| 3.2 染色体片段代换系的构建 |
| 3.3 染色体片段代换系的基因型图谱 |
| 3.4 染色体片段代换系群体的评价 |
| 3.4.1 代换片段数目 |
| 3.4.2 代换片段的长度 |
| 3.4.3 代换片段的分布 |
| 3.4.4 代换片段的覆盖率 |
| 3.5 群体性状表型 |
| 3.6 性状相关性分析 |
| 3.7 水稻主要农艺性状QTL定位 |
| 3.7.1 株高QTL分析 |
| 3.7.2 剑叶性状QTL分析 |
| 3.7.3 穗部性状QTL分析 |
| 3.7.4 粒型相关QTL分析 |
| 3.7.5 QTL多效性分析 |
| 4 小结与讨论 |
| 4.1 实验小结 |
| 4.2 实验讨论 |
| 4.2.1 长雄蕊野生稻染色体片段代换系的构建 |
| 4.2.2 水稻株高QTL定位 |
| 4.2.3 水稻剑叶性状QTL定位 |
| 4.2.4 水稻穗部性状QTL定位 |
| 4.2.5 水稻粒型QTL定位 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的硕士学术论文目录 |
（9）大豆巢式关联作图群体QTL定位方法的优化并用于开花期与籽粒性状的遗传解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 作物育种及育种目标 |
| 2 作物DNA分子标记、QTL定位与标记辅助育种 |
| 2.1 DNA分子标记的类型 |
| 2.2 作物数量性状位点(QTL)定位 |
| 2.2.1 连锁定位 |
| 2.2.1.1 作图群体 |
| 2.2.1.2 遗传图谱构建 |
| 2.2.1.3 QTL定位方法 |
| 2.2.1.4 基于高密度遗传图谱的QTL定位 |
| 2.2.2 关联分析 |
| 2.2.2.1 影响关联分析的因素 |
| 2.2.2.2 关联分析方法 |
| 2.2.2.3 全基因组关联分析在作物中的应用 |
| 2.2.3 巢式关联作图群体QTL定位研究进展 |
| 2.3 标记辅助育种 |
| 2.3.1 标记辅助育种概念 |
| 2.3.2 标记辅助育种的应用 |
| 3 大豆常规育种和分子育种研究进展 |
| 3.1 大豆种质资源的遗传变异 |
| 3.2 大豆常规育种 |
| 3.3 大豆分子育种研究进展 |
| 3.3.1 大豆遗传图谱构建 |
| 3.3.2 大豆开花期QTL研究进展 |
| 3.3.3 大豆百粒重QTL研究进展 |
| 3.3.4 大豆油脂含量QTL研究进展 |
| 3.3.5 大豆蛋白质含量QTL研究进展 |
| 3.4 大豆分子育种的应用 |
| 4 本研究目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 供试材料与田间试验 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 田间试验设计 |
| 2 表型数据测定 |
| 2.1 开花期 |
| 2.2 百粒重 |
| 2.3 油脂与蛋白质含量 |
| 3 表型数据统计分析 |
| 4 基因型分型与遗传图谱构建 |
| 4.1 SNP基因型分型 |
| 4.2 SNPLDB标记分型 |
| 4.3 遗传连锁图谱构建 |
| 4.3.1 重组自交系群体的遗传图谱构建 |
| 4.3.2 巢式关联作图群体的整合遗传图谱构建 |
| 5 大豆数量性状QTL定位研究 |
| 5.1 单个重组自交系群体QTL定位 |
| 5.1.1 复合区间作图法 |
| 5.1.2 基于混合线性模型的复合区间作图法 |
| 5.2 巢式关联作图群体QTL定位 |
| 5.1.1 联合完备区间作图法 |
| 5.1.2 混合线性模型关联分析方法 |
| 5.1.3 限制性二阶段多位点全基因组关联分析方法 |
| 5.3 QTL命名规则 |
| 6 QTL-等位变异矩阵构建 |
| 7 候选基因预测 |
| 第三章 巢式关联作图群体QTL定位方法的比较 |
| 1 开花期性状的表型变异 |
| 1.1 亲本及重组自交系群体的开花期表型变异 |
| 1.2 LZTWM群体的开花期表型变异 |
| 2 基因型分型 |
| 2.1 重组自交系群体中SNP基因型分型 |
| 2.2 LZTWM群体中SNP基因分型 |
| 2.3 LZTWM群体中SNPLDB基因分型 |
| 3 遗传图谱构建 |
| 3.1 重组自交系群体遗传图谱构建 |
| 3.2 LZTWM群体遗传图谱构建 |
| 4 LZTWM群体的群体结构 |
| 5 单个重组自交系群体QTL定位 |
| 5.1 复合区间作图法定位 |
| 5.2 基于混合模型的复合区间作图法定位 |
| 5.3 复合区间作图法与基于混合模型的复合区间作图法的QTL结果比较 |
| 6 巢式关联作图群体QTL定位 |
| 6.1 联合完备区间作图法连锁定位 |
| 6.2 混合线性模型方法关联定位 |
| 6.3 限制性二阶段全基因组关联分析方法关联定位 |
| 7 鉴定适合于巢式关联作图群体的高检测功效定位方法 |
| 7.1 五种QTL定位方法结果比较 |
| 7.2 鉴定高检测功效的定位方法 |
| 8 讨论 |
| 8.1 巢式关联作图群体SNP与SNPLDB标记的特点 |
| 8.2 重组自交系群体的遗传图谱 |
| 8.3 巢式关联作图群体的遗传结构特点 |
| 8.4 巢式关联作图群体中RTM-GWAS定位方法的优势 |
| 第四章 巢式关联作图群体开花期性状的遗传解析 |
| 1 全基因组关联分析 |
| 1.1 LZTWM群体中开花期性状的遗传解析 |
| 1.2 LZTWM群体中开花期全基因组关联分析结果 |
| 1.3 LZTWM群体中开花期QTL-等位变异矩阵 |
| 1.4 LZTWM群体五个亲本的开花期育种潜力 |
| 1.5 LZTWM群体中开花期相关候选基因体系 |
| 2 讨论 |
| 2.1 开花期表现数量遗传特点 |
| 2.2 本研究检测到DTF QTL与文献报道QTL比较 |
| 2.3 本研究五个亲本的DTF候选基因体系与文献报道比较 |
| 第五章 巢式关联作图群体百粒重性状的遗传解析 |
| 1 百粒重性状的表型变异 |
| 1.1 亲本及重组自交系群体的百粒重表型变异 |
| 1.2 LZTWM群体的百粒重表型变异 |
| 2 全基因组关联分析 |
| 2.1 LZTWM群体中百粒重性状的遗传解析 |
| 2.2 LZTWM群体中百粒重全基因组关联分析结果 |
| 2.3 LZTWM群体百粒重QTL-等位变异矩阵 |
| 2.4 LZTWM群体五个亲本的百粒重育种潜力 |
| 2.5 LZTWM群体中百粒重相关候选基因体系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 本研究检测到百粒重QTL与文献报道QTL比较 |
| 3.2 LZTWM群体中百粒重QTL-allele矩阵的遗传构成特征 |
| 第六章 巢式关联作图群体油脂含量性状的遗传解析 |
| 1 油脂含量性状的表型变异 |
| 1.1 亲本及重组自交系群体的油脂含量表型变异 |
| 1.2 LZTWM群体的油脂含量表型变异 |
| 2 全基因组关联分析 |
| 2.1 LZTWM群体中油脂含量性状的遗传解析 |
| 2.2 LZTWM群体中油脂含量全基因组关联分析结果 |
| 2.3 LZTWM群体油脂含量QTL-等位变异矩阵 |
| 2.4 LZTWM群体五个亲本的油脂含量育种潜力 |
| 2.5 LZTWM群体中油脂含量相关候选基因体系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 本研究检测到油脂含量QTL与文献报道QTL比较 |
| 3.2 LZTWM群体中油脂含量QTL-allele矩阵的遗传构成特征 |
| 第七章 巢式关联作图群体蛋白质含量性状的遗传解析 |
| 1 蛋白质含量性状的表型变异 |
| 1.1 亲本及重组自交系群体的蛋白质含量表型变异 |
| 1.2 巢式关联作图群体的蛋白质含量表型变异 |
| 2 全基因组关联分析 |
| 2.1 LZTWM群体中蛋白质含量性状的遗传解析 |
| 2.2 LZTWM群体中蛋白质含量全基因组关联分析结果 |
| 2.3 LZTWM群体蛋白质含量QTL-等位变异矩阵 |
| 2.4 LZTWM群体五个亲本的蛋白质含量育种潜力 |
| 2.5 LZTWM群体中蛋白质含量相关候选基因体系 |
| 2.6 LZTWM群体中调控籽粒性状的一因多效QTL |
| 3 讨论 |
| 3.1 本研究检测到蛋白质含量QTL与文献报道QTL比较 |
| 3.2 LZTWM群体中蛋白质含量QTL-allele矩阵的遗传构成特征 |
| 第八章 全文结论和创新点 |
| 1 全文主要结论 |
| 2 全文主要创新点 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（10）利用水稻MAGIC群体关联定位白叶枯病抗性QTL和创制抗病新种质（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验群体 |
| 1.2 田间设计与抗性鉴定 |
| 1.3 SNP基因型 |
| 1.4 群体结构分析 |
| 1.5 数据分析和QTL定位 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 亲本及MAGIC群体的抗病性表现 |
| 2.2 群体结构和连锁不平衡分析 |
| 2.3 白叶枯病抗性QTL定位 |
| 2.4 抗病QTL定位的遗传背景效应 |
| 2.5 抗病材料的筛选 |
| 3 讨论 |
| 3.1 利用MAGIC群体定位QTL的优势 |
| 3.2 QTL定位结果的比较 |
| 3.3 抗病QTL定位的遗传背景效应 |
| 3.4 抗病QTL的育种应用 |
| 4 结论 |
四、水稻抗白叶枯病微效QTL的定位分析（论文参考文献）
- [1]水稻协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析[J]. 赵海涵,练旺民,占小登,徐海明,张迎信,程式华,楼向阳,曹立勇,洪永波. 作物学报, 2022(01)
- [2]协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析[D]. 赵海涵. 中国农业科学院, 2021(09)
- [3]水稻印记基因的鉴定和8亲本MAGIC群体的抽穗期遗传基础解析[D]. 杨林. 华中农业大学, 2020(04)
- [4]水稻抗纹枯病QTL元分析及抗病品种YSBR1染色体片段导入系的构建与基因定位[D]. 单文峰. 扬州大学, 2020
- [5]长雄蕊野生稻感光性、茎粗和柱头外露的遗传分析[D]. 薄娜娜. 广西大学, 2019(01)
- [6]东乡野生稻产量相关性状有利QTL挖掘及穗长QTL qPL7-25精细定位[D]. 毛一剑. 四川农业大学, 2019(07)
- [7]水稻千粒重QTL qTGW10-20.8的精细定位和候选基因分析[D]. 朱玉君. 华中农业大学, 2019(01)
- [8]长雄蕊野生稻染色体片段代换系的构建及主要农艺性状QTL鉴定[D]. 胡大棒. 扬州大学, 2019(02)
- [9]大豆巢式关联作图群体QTL定位方法的优化并用于开花期与籽粒性状的遗传解析[D]. 李曙光. 南京农业大学, 2017(07)
- [10]利用水稻MAGIC群体关联定位白叶枯病抗性QTL和创制抗病新种质[J]. 陈天晓,朱亚军,密雪飞,陈凯,孟丽君,左示敏,徐建龙. 作物学报, 2016(10)